Klubben bildades under namnet Manningham som en rugbyklubb. Manningham RFC var ett av lagen som bildade Northern Rugby Football Union 1895 som sedan blev Northern Rugby League 1901. I slutet av säsongen 1902-1903 beslöt man att lägga ned rugbyn och i stället gå över till fotboll, man bytte då namn till Bradford City AFC.

1903 fick man en inbjudan att gå med i the Football League innan man ens hade ett lag. Detta berodde på att the Football League ville få folk intresserade av fotboll i den rugby-dominerade regionen. Bradford City och Chelsea är de enda klubbarna som gått med i ligan utan att ha spelat en enda tävlingsmatch.

Klubbens största framgång hittills är från 1911 då de vann FA-cupen och blev femma i första ligan. I modern tid har klubben åstadkommit två säsonger i Premier League. En avgörande 3-2 seger på Molineux mot Wolves i sista omgången av Division 1, 1998/1999 ledde till andraplats, uppflyttning och spel i Premier League 1999/2000. Bradford åstadkom ånyo stor lycka i säsongens sista match när man slog Liverpool med 1-0 på hemmaplan i PL. Detta säkrade 17:e-platsen precis ovanför Wimbledon (numera Milton Keynes) som flyttades ner tillsammans med Sheffield Wednesday och Watford. Säsongen därpå, 2000/2001, var de glada dagarna över för Bradford som hamnade sist i tabellen.

2004 degraderades Bradford City även ur andradivisionen efter att ha kommit näst sist, och man befinner sig sedan dess i League One (det något kryptiska namnet på tredjedivisionen). Ekonomiska svårigheter gör det svårt för klubben att ta sig tillbaka uppåt i divisionerna, och framgångsperioden runt millennieskiftet känns allt mer avlägsen. Klubbens största profiler idag är Dean Windass, David Wetherall och Donovan Ricketts.
Sedan 2007 spelar klubben i den fjärde divisionen League Two.

Den 11 maj 1985 inträffade en av de största olyckorna inom fotbollen då en läktare började brinna under säsongens sista match. 56 personer förlorade livet.