Wimbledon FC var en fotbollsklubb i södra London som existerade mellan 1889 och 2004, då klubben flyttade till Milton Keynes och ombildades som Milton Keynes Dons FC.

Klubben bildades 1889 som Wimbledon Old Centrals. Namnet kom från en skola på Wimbledon Common vid namn Old Central School, där spelarna hade varit elever. Som klubblokal och omklädningsrum användes den närbelägna puben Fox and Grapes. Hemmamatcherna spelades på Wimbledon Common fram till 1912, då man flyttade till Plough Lane, där man kom att spela i 75 år. 1905 ändrades klubbens namn till Wimbledon FC. Wimbledon var en framgångsrik amatörklubb som bland annat vann Isthmian League åtta gånger samt segrade i FA Amateur Cup 1963, då man besegrade Southend United i finalen.

Året efter blev klubben professionell och gick med i Southern League, där framgångarna fortsatte. I 1975 års FA-cup blev Wimbledon första lag på 1900-talet att besegra ett division 1-lag på bortaplan, då man slog ut Burnley i tredje omgången. I nästa omgång lyckades man klara oavgjort mot regerande ligamästarna Leeds United på Elland Road efter att målvakten Dickie Guy räddat en straffspark. I omspelet på Selhurst Park förlorade man efter ett självmål.

Efter att ha vunnit Southern League tre år i rad blev klubben invald i The Football League 1977, efter flera misslyckade försök. Wimbledon klättrade i serieseystemet, och 1986 gick man upp i division 1 för första gången. Första säsongen i ettan slutade med en sjätteplats, och under säsongen 1987/88 toppade man ett tag ligan. I FA-cupen 1988 tog sig Wimbledon hela vägen till final, där man sensationellt besegrade Liverpool efter att Lawrie Sanchez nickat in matchens enda mål. Lagkaptenen Dave Beasant blev den förste målvakt att rädda en straff i en FA-cupfinal, då han knep John Aldridges elvametare.

I slutet av 1980-talet hade Wimbledon planer på att flytta till en ny arena. Det blev dock ingenting av dessa planer, men man ansåg det inte värt att renovera Plough Lane, som var rejält nedgången. Istället flyttade man 1991 in till Selhurst Park, som man kom att dela med Crystal Palace i tolv år.
Wimbledon var med när FA Premier League bildades 1992. Man var ett stabilt mittenlag under flera år, med en sjätteplats 1993/94 som bästa resultat, innan man åkte ner i division 1 år 2000. Klubbens låga publiksiffror och konkurrensen från andra Londonklubbar gjorde att man år 2003 flyttade verksamheten till Milton Keynes, cirka tio mil norr om London. Efter säsongen 2003/04 bytte klubben namn till Milton Keynes Dons.