Bayern München grundas 
FC Bayern München grundades den 27 februari 1900 men har sitt ursprung i MTV 1879 München. Det var efter en kontrovers med klubbledningen i MTV 1879 som fotbollsspelarna i klubben valde att starta en egen förening. Man hade svårt att få ekonomin att gå ihop och valde att gå med i klubben Münchner SC 1906. Efter första världskriget fanns ingen verksamhet i Münchner SC kvar och Bayern München-spelare gick istället med TV Jahn München som blev TSV Jahn München. Fotbollslaget spelade dock under namnet FC Bayern München och 1923 blev man en självständig förening.

Tyska mästare
1932 vann Bayern München sitt första tyska mästerskap efter finalseger mot Eintracht Frankfurt. Det första mästarlaget: Josef Lechler, Sigmund Haringer, Conrad Heidkamp, Robert Breindl, Ludwig Goldbrunner, Ernst Nagelschmitz, Josef Bergmaier, Franz Krumm, Oskar Rohr, Hans Schmidt och Hans Welkerd. I Bayern var det dock 1. FC Nürnberg och SpVgg Fürth som var dominanter under 1920- och 1930-talet.
Efter 1932 skulle det dröja länge innan Bayern München på nytt kunde kalla sig tyska mästare. Först 1957 tog de på nytt en titel - den tyska cupen. Under 1950-talet och den största delen av 1960-talet var man långt ifrån en gigant inom klubbfotbollen. Istället var det TSV 1860 München som var storlaget i München. Bayern München kvalificerade sig för Bundesliga våren 1965. Under de första åren där var TSV 1860 München och 1. FC Nürnberg de ledande lagen i Bayern, men efter Bayern Münchens ligaguld 1969 ändrade sig detta snabbt.

1950-talet
Bayern spelade i den regionala högstaligan Oberliga Süd och hade landslagsspelare som Hans Bauer och Herbert Erhardt i laget. Den största framgången kom när man vann DFB-Pokal 1957. Det var Bayerns första titel på nationell nivå sedan 1932. Laget hade inte alls den dominerade ställning man idag har.

1960-talets uppgång till storlag
Med en rad unga talanger som skulle växa ut till världsspelare kunde Bayern München i slutet av 1960-talet fira flera liga- och cupguld. De stora namnen var Franz Beckenbauer och Gerd Müller som båda snabbt även blev firade landslagsstjärnor. Sepp Maier och Hans-Georg Schwarzenbeck var andra namn. 1965 gick laget upp i Bundesliga och kunde direkt etablera sig i toppen via en tredjeplats efter första säsongen. Under samma säsong blev man tyska cupmästare under tränaren Cajkovski. Beckenbauer var en av stjärnorna under VM i England 1966 då Västtyskland tog silver.

1967 följdes detta upp med den historiska segern i Cupvinnarcupen efter finalseger mot Glasgow Rangers i Nürnberg. 1969 vann man för första gången ligan och blev tyska mästare för andra gången sedan 1932. I Mexiko-VM 1970 spelade Bayerns spelare Sepp Maier, Franz Beckenbauer och Gerd Müller nyckelroller i Västtysklands lag som tog brons.

1970-talets storhetstid 

Bayern München firade under många år sina största triumfer på Olympiastadion i München.
Under 1970-talet nådde Bayern München nya triumfer i Europa. De största segrarna var utan tvekan de tre raka segrarna i Europacupen för mästarlag 1974-1976. I laget fanns bland annat Paul Breitner och Uli Hoeness förutom de tidigare nämnda spelarna. Bayern var det första tyska laget som vann Europacupen för mästarlag. Den stora tränaren var Udo Lattek som var arkitekten bakom de stora framgångarna. När Lattek lämnade Bayern tog Dettmar Cramer över och ledde laget till segern i europacupen 1976 och den påföljande finalsegern i Världscupen.
Laget dominerade tillsammans med Borussia Mönchengladbach Bundesliga under 1970-talet. I VM-finalen 1974 var hela sex spelare i det västtyska laget från Bayern München. Det är idag klassiska matcher som spelades mellan Borussia Mönchengladbach och Bayern München med några av tysk fotbolls allra största. Efter 1976 försvann flera av de mest tongivande spelarna, bland dem Beckenbauer, vilket gjorde att klubben inte längre kunde dominera på det sätt de tidigare gjort. Hamburger SV var den stora utmanaren vilket bland annat visades i klubbens ligatitel 1979.

1980-talet - fortsatt dominans 
De andra klubbarnas herravälde blev dock kort - 1980 var Bayern München tyska mästare igen. Paul Breitner, som återvänt efter en tid i Real Madrid och Eintracht Braunschweig var tillsammans med Karl-Heinz Rummenigge ledargestalt i laget. 1982 tog sig Bayern på nytt till final i europacupen för mästarlag men förlorade mot engelska Aston Villa. Bayern hade framgångar men HSV desto större.
Under den gamle storspelaren Uli Hoeness ledarskap (officiell titel: Manager = sportchef) befäste man kraftigt sin roll som den ledande klubben inom tysk fotboll. I mitten av 1980-talet markerade man att man ville tillbaka till sin dominerade roll. Värvningen av Lothar Matthäus från konkurrenten Borussia Mönchengladbach 1984 var en markering. 1985 vann Bayern åter ligan och gjorde detta även 1986 och 1987. Vid samma tid tog SV Werder Bremen över som "Bayern-utmanaren" men Bayern drog ofta det längsta stråt. Dominansen på hemmaplan kunde inte omsättas internationellt. 1987 nådde man som storfavoriterna finalen i Europacupen för mästarlag men förlorade mot sensationen Porto i Wien.

1990-talet 
En tidig djupdykning i början av 1990-talet var inte värre än att man missade ligatiteln tre år i rad. Man noterade dock en tiondeplats 1992 vilket är en av de största djupdykningarna för laget som nästan alltid slåss i toppen av tabellen. 1991 nådde man semifinal i Europacupen för mästarlag men förlorade mot de blivande mästarna Röda stjärnan.

De stora segrarna skulle komma först sent på 90-talet. 1994, 1997 och 1999 blev laget tyska mästare och kunde äntligen hävda sig på allvar internationellt. 1996 vann Bayern München UEFA-cupen vilket var lagets första turneringsseger i europacuperna på 20 år. I laget fanns den från FC Internazionale återbördade stjärnan Lothar Matthäus tillsammans med en rad landslagsmän som samma år var med och vann EM-guld för Tyskland: Jürgen Klinsmann, Thomas Helmer, Christian Ziege, Mehmet Scholl och Oliver Kahn. Under samma tid blev laget känt under öknamnet FC Hollywood då det ofta var hätsk stämning mellan de många stjärnorna i laget. Bayern skiftade ofta tränare där meriterade tränare som Otto Rehhagel och Giovanni Trapattoni verkade som tränare. Den gamla storstjärnan Franz Beckenbauer hoppade in som tränare 1994 och 1996. Borussia Dortmund var vid den här tiden dominerade lag och genom sina dubbla ligasegrar och seger i Champions League 1997. Bayern hade för första gången på länge fått en verklig utmanare.

1998 kom en avgörande förändring när Bayern värvade Ottmar Hitzfeld som tränare. Under Hitzfeld kom framgångarna med en ny dominans på hemmaplan och efterlängtade framgångar i UEFA Champions League. 1999 nådde Bayern finalen i UEFA Champions League och var ytterst nära att vinna - en tidig ledning förbyttes i förlust när Manchester United vann efter två mål på övertid. I ligan kunde laget dominera totalt och vann ligan överlägset. I laget fanns som vanligt stjärnor där mittfältarna Stefan Effenberg och Mario Basler utmärkte sig liksom den målfarlige anfallaren Giovane Elber.

2000-talet
2001 tog klubben dock äntligen hem segern i UEFA Champions League - för första gången på 25 år. Laget vann efter straffar mot Valencia CF där målvakten Oliver Kahn spelade en avgörande roll. Lagkaptenen Stefan Effenberg gjorde avgörande insatser då han kvitterade under ordinarie matchtid och var målskytt i straffläggningen. 2001 vann man ligan efter en rafflande sista omgången där Patrik Andersson spelade en avgörande roll. Andersson kvitterade på övertid mot Hamburger SV vilket gav Bayern den avgörande poängen för att vinna ligan framför FC Schalke 04.
2003 vann man både ligan och cupen.

Bayern München fortsätter att dominera i Tyskland - även om titeln gick laget förbi 2004. Följden blev att Ottmar Hitzfeld lämnade tränarposten och ersattes av VfB Stuttgarts succétränare Felix Magath. Magath ledde tillbaka klubben på framgångsspåret med dubbla titlar (ligan och cupen) 2005 och 2006. Bayern München blev den första klubben att försvara både cupen och titeln under samma säsong. Bland dagens spelare märks Bastian Schweinsteiger, Philipp Lahm och Lukas Podolski.

2007 lämnade Felix Magath posten som tränare efter svaga resultat i ligan.

Bayer München spelade UEFA-cupen2007/2008. De var tippade att vinna hela turneringen men möttes av oväntat hårt motstånd av Zenit St. Petersburg i semifinalen. Där åkte de på storstryk med 4-0 av de ryska mästarna, som senare vann hela turneringen. Säsongen 2009/2010 kom laget till final i UEFA Champions League med Louis van Gaal som tränare och Arjen Robben och Franck Ribery i spetsen. Det var första gången sedan 2001 som man kom till final, men man förlorade med 0-2 mot Inter från Italien. Man vann även tyska Bundesliga för 22:a gången i historien. Laget vann även tyska cupen för 15:de gången.